《口袋妖怪水晶3ds版》是GBC平台上口袋妖怪第二世代游戏的第二部作品，《口袋妖怪金银》的第三个版本。与其他版本不同的是部分怪兽获得新的升级技能。

与金银版的区别——设计变化：桔梗市西边新增了一片草地，并且在这里可以捕获卡蒂狗。这就使得没有选择炎系初学者神奇宝贝(在这个版本中是火球鼠)的玩家能够比其他版本中更早地收到炎系神奇宝贝。冰之通路的迷宫变化，并且内部结构改为冰结构。烧焦塔全部重新设计。龙穴做了细微的调整：龙圣祠开放，圣祠后院添加了四棵铁头功树。

首次添加了神奇宝贝的登场动画，这个设计曾一度被废除，直到绿宝石版才再度采用。某些神奇宝贝的图像重新设计，譬如黑鲁加和雷公;狃拉、水君等在金银两版中共用同一图像的神奇宝贝的图像做了细微调整。然而大多数神奇宝贝仍旧沿用金银版的图像，部分训练家的台词改变。

地点变化：在金银版中，白银山之前是无法遇见它的。部份训练家站立的位置做了调整。关都地方的野生神奇宝贝分布稍许改动。

手游特色

1、伊布、波克基斯、大嘴雀、大舌头等精灵加入其中

2、玩家可以选择女主人公，克丽丝作为自己的游戏角色。这是第一个可以选择女主人公的版本

3、全新的剧情将会随着全新的冒险地区来展开给玩家

4、增加雪拉比的gs球(道具)剧情，可以捕捉雪拉比

小编评价

1、在这款改版中玩家将会体验全新故事情节，而且除了水晶原来的精灵外还二外收录了初代的经典精灵，让玩家们能够来在冒险的旅途中找寻更多的精灵伙伴

2、我也想像他们一样，有自己的宠物和他们都一样的

3、神奇宝贝联盟中渡的房间重新设计。雷公、水君和炎帝的战斗拥有特殊的战斗音乐。水晶版也是第一与传说中的神奇宝贝对战会出现不同的战斗音乐的版本

4、这款游戏也让我领略到了其中的快乐。途径非常的多，于是我就非常快乐的玩了下去